1999年成立，2005年正式对外开放。隶属黄龙县文化体育事业局。

1964年以前，黄龙县未设专门的文物管理机构，业务由黄龙县文化馆代管。6月20日成立“黄龙县文物管理所”，编制4人，负责全县的文物管理工作。1986年5月16日成立了“黄龙县文物管理委员会”，下设办公室，同文管所合署办公。1998年10月在原址建博物馆，1999年新馆建成，同年10月经县人民政府批准成立“黄龙县博物馆”，2005年完成博物馆的陈列工作，并正式对外开放。